Thị trấn Thanh Hà được chia thành 9 khu: 1 (xóm Tranh), 2 (xóm Sậy), 3 (xóm Chỗ), 4 (xóm Cầu Vông), 5 (xóm Chiền), 6 (các xóm Dội, Gạo), 7 (xóm Kỳ), 8 (Xóm Cõi), 9 (thôn Ngư Đại).

Trụ sở Đảng ủy, HĐND, ủy ban nhân dân thị trấn Thanh Hà trước đây đặt tại ngã ba chợ Hương (khu 6), nay được chuyển ra địa điểm mới gần nghĩa trang liệt sĩ (khu 2).